home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9410p.zip / M94A3313.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-10-25  |  3KB  |  48 lines
  1.        Document 3313
  2.  DOCN  M94A3313
  3.  TI    Study of differential RNA expression during HIV infection using
  4.        arbitrarily primed PCR.
  5.  DT    9412
  6.  AU    Boyer V; Ferre F; Pezzoli P; Jensen FC; Carlo DJ; Immune Response
  7.        Corporation, Carlsbad CA.
  8.  SO    Int Conf AIDS. 1994 Aug 7-12;10(1):104 (abstract no. PA0036). Unique
  9.        Identifier : AIDSLINE ICA10/94369262
  10.  AB    OBJECTIVE: To identify differential RNA expression during HIV infection
  11.        of a T cell line (HUT78 cell line), we used the RNA arbitrarily primed
  12.        PCR (RAP) fingerprinting method. METHODS: Total RNA was isolated from
  13.        HUT78 cells and HIV-1 (HIVZ321 strain)-infected HUT78 cells. cDNA was
  14.        generated using an arbitrarily selected primer. The first PCR cycle was
  15.        run at low stringency (40 degrees C), using an arbitrary primer
  16.        different from that of the cDNA step and three RNA concentrations for
  17.        each assay, followed by 40 cycles at high stringency (60 degrees C). A
  18.        total of 30 arbitrary primers were screened using this methodology.
  19.        RESULTS: A reproducible pattern for 3 PCR products revealed differential
  20.        expression between the control uninfected and the infected cell line.
  21.        Different patterns of differential expression were observed for all 3
  22.        PCR products. Two genes were either up-regulated in the HIV-infected
  23.        cells or specifically expressed in HUT78 + HIV cells. Finally, the third
  24.        gene was down-regulated in the non-infected cells. The DNA sequences of
  25.        these bands were obtained by excising them from the polyacrylamide gel,
  26.        re-amplifying them by PCR using the same arbitrary primers that first
  27.        generated them and cloning them into a vector. The up-regulated gene is
  28.        gamma actin. The specific gene expressed only in the HUT78 + HIV cells
  29.        in the HIV Nef gene. Finally, the down-regulated product is the unknown
  30.        gene. The differential expression of these three products identified by
  31.        RAP-PCR was confirmed, by Northern, and then by RT-PCR using specific
  32.        primers designed from the sequenced gene. CONCLUSIONS: Thus, the rapid
  33.        and efficient RAP fingerprinting method allowed us to detect genes 1)
  34.        only expressed in a cellular type (for Nef). 2) up-regulated by HIV (for
  35.        gamma actin). 3) unknown, modulated by HIV, and expressed at a low
  36.        level. The relevance of the down regulation of the unknown gene is under
  37.        investigation.
  38.  DE    Actins/GENETICS  Down-Regulation (Physiology)  DNA Fingerprinting  DNA
  39.        Primers/GENETICS  DNA, Viral/GENETICS/ISOLATION & PURIF  Gene Expression
  40.        Regulation, Viral  Genes, nef  Human  HIV
  41.        Infections/*GENETICS/*MICROBIOLOGY  HIV-1/*GENETICS  Polymerase Chain
  42.        Reaction/METHODS  RNA, Viral/*GENETICS  Up-Regulation (Physiology)
  43.        MEETING ABSTRACT
  44.  
  45.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  46.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  47.  
  48.